Absentéisme dans la fonction publique : enjeux, chiffres et solutions
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À retenir :
- En 2024, le taux d’absentéisme pour raison de santé atteint 9,8 % dans la fonction publique territoriale (hors congés maternité), soit près de 10 agents absents à temps plein pour 100 (panorama Relyens 2025).
- Les arrêts sont moins nombreux mais plus longs : sur cinq ans, leur nombre recule de 7 % alors que le taux global d’absentéisme progresse de 4 % (Relyens).
- Les agents publics se sont absentés 11,1 jours en moyenne en 2024, contre 10,6 jours dans le secteur privé (DGAFP). L’écart s’explique en partie par des effets de structure : âge, sexe, métiers exercés.
- La Cour des comptes chiffre le coût direct des journées non travaillées entre 11,1 et 11,9 milliards d’euros pour les trois fonctions publiques (chiffre relayé par la Fondation iFRAP).
- Le jour de carence reste fixé à un jour en 2026. La prévention (conditions de travail, risques psychosociaux, pilotage par indicateurs) reste le levier le plus durable.
Qu’est-ce que l’absentéisme dans la fonction publique ?
L’absentéisme désigne les absences non planifiées des agents, principalement pour raison de santé. Dans la fonction publique, il fait l’objet d’un suivi renforcé, car il pèse à la fois sur les finances des employeurs et sur la continuité du service public.
Définition et périmètre de l’absentéisme
L’absentéisme au travail recouvre les absences pour raison de santé : maladie, accidents, maladies professionnelles. Il se distingue des absences prévues par les textes, comme les congés annuels ou la formation.
Les études publiées n’utilisent pas toutes le même périmètre. Certaines excluent les congés maternité, d’autres ne portent que sur les titulaires, d’autres encore comptent en jours calendaires ou en jours ouvrés. Ces choix expliquent une partie des écarts de taux entre les sources.
Conseil pour les RH
Avant de comparer votre collectivité à une référence, vérifiez que le périmètre et la méthode de calcul sont identiques : agents concernés, types d’absences retenus, base de calcul des jours.
Les différents types d’absences : maladie ordinaire, longue durée et accidents de service
Les absences pour raison de santé se répartissent en plusieurs catégories, qui n’ont ni les mêmes causes ni les mêmes leviers de prévention :
- Maladie ordinaire : la première cause d’arrêts. Depuis le 1er mars 2025, la rémunération est maintenue à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois, puis à 50 %.
- Longue maladie et longue durée : des arrêts prolongés pour des pathologies lourdes, qui pèsent fortement sur la durée moyenne d’absence.
- Accidents de service et maladies professionnelles : des absences imputables à l’activité, dominées dans la territoriale par les troubles musculosquelettiques (TMS).
Selon le baromètre de la Mutuelle nationale des hospitaliers (MNH), relayé par Acteurs publics, les TMS représentent 94 % des maladies professionnelles dans la fonction publique territoriale, contre 87 % au niveau national.
Les chiffres de l’absentéisme dans la fonction publique en 2026
Les données consolidées les plus récentes que nous avons pu consulter portent sur l’année 2024. Elles permettent de situer la fonction publique territoriale par rapport au secteur privé.
Taux d’absentéisme dans la fonction publique territoriale
Selon le panorama Relyens 2025, qui analyse les données de 440 000 agents et 15 500 collectivités, le taux d’absentéisme pour raison de santé s’établit à 9,8 % en 2024, hors congés maternité. Il était de 9,6 % en 2023.
Chiffres clés
- 9,8 % : taux d’absentéisme pour raison de santé dans la fonction publique territoriale en 2024 (hors congés maternité).
- Près de 10 agents absents à temps plein sur 100 au cours de l’année.
- 440 000 agents et 15 500 collectivités analysés par le panorama Relyens 2025.
Relyens est un assureur spécialisé dans le secteur public local : ces chiffres constituent un panorama professionnel, à compléter par les statistiques institutionnelles de la DGAFP.
Comparaison avec le secteur privé
Le rapport annuel sur l’état de la fonction publique de la DGAFP, cité par Acteurs publics, indique que les agents publics se sont absentés 11,1 jours en moyenne en 2024, contre 10,6 jours pour les salariés du privé.
La DGAFP explique que les absences pour raison de santé sont plus fréquentes dans la fonction publique en partie à cause d’effets de structure : davantage de femmes et des agents plus âgés. Un rapport cité par Public Sénat en 2024 va plus loin : 95 % de l’écart s’expliqueraient par les caractéristiques des agents (âge, sexe, état de santé) et leurs emplois.
| Repère | Fonction publique | Secteur privé |
|---|---|---|
| Jours d’absence moyens en 2024 (raison de santé) | 11,1 jours | 10,6 jours |
| Délai de carence en 2026 | 1 jour non rémunéré | 3 jours (carence Sécurité sociale), souvent compensés par l’employeur selon la convention |
| Indemnisation de la maladie ordinaire | 90 % du traitement pendant 3 mois, puis 50 % (depuis le 1er mars 2025) | Indemnités journalières de la Sécurité sociale, complétées selon la convention collective ou l’accord d’entreprise |
Prudence avec les taux en pourcentage : le baromètre WTW 2026 situe l’absentéisme du secteur privé à 4,95 % en 2025, sur 3 100 entreprises. Cette mesure ne repose pas nécessairement sur le même périmètre ni la même méthode que le panorama Relyens. Privilégiez les comparaisons issues d’une même source.
Conseil pour les RH
Pour situer votre collectivité, comparez-la à des structures de taille et de métiers proches plutôt qu’à la moyenne nationale : la structure des effectifs (âge, filières techniques) pèse fortement sur le taux.
Évolution depuis la crise sanitaire
Sur les cinq dernières années, période qui inclut la crise sanitaire, le panorama Relyens 2025 met en évidence un paradoxe : le nombre d’arrêts a diminué de 7 % et la proportion d’agents concernés a reculé de 6 %, mais le taux global d’absentéisme a progressé de 4 %.
Autrement dit, les arrêts sont moins fréquents mais plus longs. Pour Relyens, cette évolution traduit une usure professionnelle qui touche surtout les agents des métiers les plus exposés, dans une population active qui vieillit.
Relyens rappelle que l’absentéisme ne peut pas se lire uniquement à travers le nombre d’agents absents et d’arrêts. La durée des absences doit être suivie en parallèle de leur fréquence.
Les principales causes de l’absentéisme chez les agents publics
Aucune cause ne suffit à expliquer l’absentéisme : il résulte d’un cumul de facteurs liés aux métiers, à l’organisation et aux profils des agents.
Facteurs organisationnels et conditions de travail
Les métiers techniques et de proximité des collectivités (entretien, espaces verts, voirie, restauration, petite enfance) exposent à des efforts physiques, à des postures contraignantes et à des gestes répétitifs. Cette pénibilité explique la place des TMS dans les maladies professionnelles de la territoriale.
Le baromètre de la MNH met aussi en avant la détérioration des conditions de travail comme facteur d’exposition à l’absentéisme dans la fonction publique territoriale.
Risques psychosociaux et santé mentale
Tensions avec les usagers, réorganisations successives, manque de reconnaissance, perte de sens : les risques psychosociaux (RPS) jouent un rôle dans les arrêts de travail des agents publics, comme dans les autres secteurs.
Les données publiques consultées ne permettent toutefois pas d’isoler précisément la part des arrêts imputables aux RPS dans la territoriale. C’est une raison de plus de mesurer le ressenti des agents au plus près du terrain.
Démographie et vieillissement des effectifs
La fonction publique territoriale est le versant le plus âgé de la fonction publique, avec un âge moyen de 46 ans selon le baromètre de la MNH relayé par Acteurs publics.
Relyens souligne que la population active de la territoriale vieillit. La DGAFP cite, de son côté, la part plus importante de femmes parmi les agents comme un effet de structure.
Conseil pour les RH
Croisez absentéisme, âge et métier pour repérer les postes où l’usure s’installe. Anticipez les aménagements de poste et les reclassements avant que l’arrêt long ne survienne.
Suivez en continu le bien-être de vos agents, repérez les signaux faibles avant les arrêts de travail et alimentez votre pilotage RH par la donnée.
Quel est le coût de l’absentéisme pour les collectivités territoriales ?
Le coût de l’absentéisme dépasse largement la seule rémunération maintenue pendant l’arrêt. Il touche l’organisation des services et la charge supportée par les équipes.
Impact financier direct et indirect
La Cour des comptes a chiffré le coût direct des journées non travaillées entre 11,1 et 11,9 milliards d’euros pour l’ensemble des trois fonctions publiques, selon une étude relayée par la Fondation iFRAP en 2023.
À l’échelle des collectivités, l’iFRAP estime dans une enquête de 2023 que les journées perdues pour raison de santé équivalent à près de 29 000 postes à temps plein, soit 1,2 milliard d’euros sur les seules collectivités répondantes (1,6 % de leurs dépenses de personnel). Il s’agit d’une estimation d’un think tank, à lire comme un ordre de grandeur.
Ce que recouvre le coût de l’absentéisme
- Coûts directs : rémunération maintenue pendant l’arrêt, charges associées.
- Coûts de remplacement : recrutement de contractuels, heures supplémentaires, intérim.
- Coûts indirects : désorganisation des services, perte de productivité, charge de gestion RH (suivi des arrêts, reclassements, procédures médicales).
Conseil pour les RH
Chiffrez votre propre coût : nombre de jours d’absence multiplié par le coût journalier chargé moyen de vos agents. À titre d’illustration, l’iFRAP retient un coût annuel chargé de 40 000 € par agent dans ses estimations.
Conséquences sur la qualité de service public
Chaque absence non remplacée pèse sur la continuité des services de proximité : accueil des usagers, état civil, écoles, voirie, équipements. Les délais s’allongent et certains services fonctionnent en mode dégradé.
La difficulté grandit avec la durée des arrêts : remplacer un agent absent plusieurs mois suppose de recruter et de former, ce qui n’est pas toujours possible dans des métiers en tension.
Effets sur les équipes et la charge de travail
Les agents présents absorbent la charge des agents absents. Cette surcharge alimente l’usure et le risque de nouveaux arrêts : c’est le cercle vicieux de l’absentéisme.
Plus l’absence dure, plus la désorganisation s’installe, et plus il devient difficile de préserver la motivation des équipes en poste.
Comment réduire l’absentéisme dans la fonction publique ?
Les employeurs publics disposent de leviers complémentaires : la prévention agit sur les causes, le suivi et le contrôle encadrent les situations existantes.
Mettre en place des indicateurs de suivi efficaces
- Taux d’absentéisme global, puis par direction, service, métier et tranche d’âge
- Fréquence et durée des arrêts, car les arrêts longs pèsent de plus en plus
- Répartition par type d’absence : maladie ordinaire, longue maladie ou longue durée, accidents de service
- Absences de courte durée répétées, souvent un signal d’alerte
- Croisement avec le turnover, l’ancienneté et la pyramide des âges
Ces indicateurs s’appuient sur les données du rapport social unique, qui a remplacé le bilan social, complétées par les extractions du SIRH.
Conseil pour les RH
Présentez les indicateurs chaque trimestre aux directeurs et chefs de service, pas seulement en comité social territorial. Un indicateur que les encadrants ne voient pas ne change aucune pratique.
Améliorer la qualité de vie au travail des agents
- Analyse ergonomique des postes les plus exposés aux TMS
- Formation aux gestes et postures, matériel adapté
- Plannings plus prévisibles et remplacements anticipés
- Aménagement de poste et reclassement des agents en difficulté de santé
- Reconnaissance et dialogue régulier avec l’encadrement de proximité
Renforcer la prévention des risques psychosociaux
L’évaluation des risques psychosociaux doit alimenter le document unique d’évaluation des risques professionnels et déboucher sur un plan d’action suivi.
- Évaluer les RPS service par service, et pas seulement à l’échelle de la collectivité
- Former les encadrants à repérer les signaux faibles
- Faciliter l’accès à un soutien psychologique et à la médecine de prévention
- Recueillir régulièrement le ressenti des agents, y compris ceux qui n’ont pas de poste informatique
Optimiser le contrôle et le suivi des arrêts maladie
Le contrôle fait partie des outils de l’employeur, mais il ne remplace pas la prévention.
- Vérifier le respect des obligations de transmission des arrêts
- Recourir à la contre-visite médicale lorsque la situation le justifie
- Organiser un entretien de retour après les absences longues ou répétées
- Associer médecine de prévention et RH pour préparer les reprises, aménagements ou reclassements
Le jour de carence, fixé à un jour dans la fonction publique, fait l’objet de débats récurrents. Selon la revue de dépenses de septembre 2024 citée par Acteurs publics, un deuxième jour de carence dégagerait 174 millions d’euros sur l’ensemble de la fonction publique. Ses opposants soulignent qu’une moindre couverture peut inciter à prolonger les arrêts.
Les employeurs gagnent à ne pas attendre une évolution réglementaire : les leviers de prévention restent entièrement de leur ressort.
Questions fréquentes sur l’absentéisme dans la fonction publique
Quel est le taux moyen d’absentéisme dans la fonction publique territoriale ?
Le taux d’absentéisme pour raison de santé de la fonction publique territoriale s’établit à 9,8 % en 2024, hors congés maternité, selon le panorama Relyens 2025. Il était de 9,6 % en 2023.
En durée, la DGAFP rapporte une moyenne de 11,1 jours d’absence par agent public en 2024, tous versants confondus. Taux et durée moyenne n’expriment pas la même chose : ne les comparez pas entre eux.
Existe-t-il un jour de carence dans la fonction publique ?
Oui. Depuis le 1er janvier 2018, le premier jour d’un congé de maladie ordinaire n’est pas rémunéré dans la fonction publique (article 115 de la loi de finances pour 2018). Le secteur privé applique trois jours de carence de Sécurité sociale, souvent compensés par l’employeur selon les conventions.
Un passage à trois jours a été débattu lors des projets de loi de finances pour 2025 et pour 2026, mais il n’a pas été adopté : la règle est restée à un jour en 2026.
Le jour de carence ne s’applique pas dans certaines situations, comme les affections de longue durée ou les accidents de service. Il n’est pas non plus retenu de nouveau lorsqu’un nouvel arrêt débute dans les deux jours suivant la reprise.
Comment calculer le taux d’absentéisme des agents publics ?
Taux d’absentéisme = (nombre de jours d’absence pour raison de santé / nombre total de jours de la période pour l’ensemble des agents) x 100
Un taux de 9,8 % équivaut, selon Relyens, à près de 10 agents absents à temps plein sur 100 au cours de l’année.
Précisez toujours la base retenue (jours calendaires ou jours ouvrés), les absences incluses (avec ou sans congés maternité) et la population (titulaires seulement ou tous les agents).
Quels sont les outils pour suivre l’absentéisme dans les collectivités ?
- Le rapport social unique, qui a remplacé le bilan social
- Le SIRH et les logiciels de gestion des temps et des absences
- Les panoramas des assureurs statutaires et des centres de gestion, pour se comparer à d’autres collectivités
- Des tableaux de bord RH par service, avec suivi de la fréquence et de la durée des arrêts
- Des outils d’écoute continue, qui complètent les indicateurs d’absence par le ressenti des agents
L’écoute continue ne remplace pas les indicateurs d’absence : elle apporte la donnée qualitative en amont des arrêts.
Sources citées : DGAFP, rapport annuel sur l’état de la fonction publique (via Acteurs publics) ; panorama Relyens 2025 ; Cour des comptes (via Fondation iFRAP) ; baromètre MNH (via Acteurs publics) ; baromètre WTW 2026 (via Economie Matin) ; Public Sénat ; loi de finances pour 2018, article 115.
